A Reitoria é o órgão executivo que representa o IFSP, cabendo-lhe a administração, a coordenação e a supervisão de todas as atividades da autarquia. Para o exercício das suas atividades, a Reitoria conta com o reitor, as Pró-Reitorias de Ensino, Extensão, Pesquisa e Inovação, Administração e Desenvolvimento Institucional além das Diretorias, Auditoria Interna e Procuradoria Federal.

A sede da administração está localizada na Rua Pedro Vicente, 625, Canindé - São Paulo/SP.